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##
#W  affine.gd               Manuel Delgado <mdelgado@fc.up.pt>
#W                          Pedro A. Garcia-Sanchez <pedro@ugr.es>
##
#Y  Copyright 2015-- Centro de Matemática da Universidade do Porto, Portugal and Universidad de Granada, Spain
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#O BelongsToAffineSemigroup
# Determines if the vector v is in the affine semigroup a
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DeclareOperation("BelongsToAffineSemigroup",[IsHomogeneousList,IsAffineSemigroup]);

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#F BasisOfGroupGivenByEquations
# Computes a basis of a subgroup of Z^n with defining equations
# Ax =0 \in Z_m1\times\Z_mt \times Z^k, k is n-length(m),
# m=[m1,...,mt]
###########################################################################
DeclareGlobalFunction("BasisOfGroupGivenByEquations");

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###
#F EquationsOfGroupGeneratedBy
# Computes the defining equations of the group of Z^n
# generated by M
# the output is [A,m] such that Ax=0 mod m are the equations
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DeclareGlobalFunction("EquationsOfGroupGeneratedBy");


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###
#F GluingOfAffineSemigroups
# Determines if there is a gluing of the two affine semigroups
# if so, returns the gluing of them, and fail otherwise
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DeclareGlobalFunction("GluingOfAffineSemigroups");

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###
#F IsFullAffineSemigroup
# Detects if the affine semigroup is full: the nonnegative
# of the the group spanned by it coincides with the semigroup
# itself; or in other words, if a,b\in S and a-b\in \mathbb N^n,
# then a-b\in S
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## moved to affine-def
#DeclareGlobalFunction("IsFullAffineSemigroup");


###################### ContejeanDevieAlgorithm
#DeclareGlobalFunction("ContejeanDevieAlgorithmForEquations");
#DeclareGlobalFunction("ContejeanDevieAlgorithmForInequalities");


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#O FactorizationsVectorWRTList
#
# Computes the set of factorizations of v in terms of the elements of ls
# That is, a Hilbert basis for ls*X=v
# While using normaliz:
# If ls contains vectors that generate a nonreduced monoid, then it
# deprecates the infinite part of the solutions, or in other words, it
# returns only the minimal solutions of the above system of equations
# If not using nomaliz: then the above can cause an infinite loop
########################################################################
DeclareOperation("FactorizationsVectorWRTList",[IsHomogeneousList,IsMatrix]);

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#O Factorizations
# Factorizations of a vector in terms of the minimal generating set of the 
# affine semigroup
########################################################################
DeclareOperation("Factorizations",[IsHomogeneousList,IsAffineSemigroup]);
DeclareOperation("Factorizations",[IsAffineSemigroup,IsHomogeneousList]);


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#O BettiElementsOfAffineSemigroup
# Computes the Betti elements of the affine semigroup a
###########################################################################
DeclareOperation("BettiElements",[IsAffineSemigroup]);
DeclareSynonym("BettiElementsOfAffineSemigroup",BettiElements);

#######################################################################
#O CircuitsOfKernelCongruence
# computes a set of circuits (relations with minimal support) of the 
# kernel congruence of the monoid morphism associated to the matrix m
########################################################################
DeclareOperation("CircuitsOfKernelCongruence",[IsHomogeneousList]);

#######################################################################
#O PrimitiveRelationsOfKernelCongruence
# computes a set of primitive relations of the 
# kernel congruence of the monoid morphism associated to the matrix m
########################################################################
DeclareOperation("PrimitiveRelationsOfKernelCongruence",[IsHomogeneousList]);


############################################################
#O GeneratorsOfKernelCongruence
# computes a set of generators of the kernel congruence
# of the monoid morphism associated to the matrix m
############################################################
DeclareOperation("GeneratorsOfKernelCongruence",[IsHomogeneousList]);

############################################################
#O CanonicalBasisOfKernelCongruence
# computes a canonical basis of the kernel congruence
# of the monoid morphism associated to the matrix m with
# nonnegative integer coefficients wrt the term ordering
# the kernel is the pairs (x,y) such that xm=ym
############################################################
DeclareOperation("CanonicalBasisOfKernelCongruence",[IsHomogeneousList, IsMonomialOrdering]);

############################################################
#O GraverBasis
# computes the Graver basis of matrix with integer entries
############################################################
DeclareOperation("GraverBasis",[IsHomogeneousList]);


###############################################################################
#O MinimalPresentationOfAffineSemigroup
# Computes a minimal presentation of the affine semigroup a
###########################################################################
DeclareOperation("MinimalPresentationOfAffineSemigroup",[IsAffineSemigroup]);
DeclareOperation("MinimalPresentation",[IsAffineSemigroup]);

#############################################################################
##
#P  IsUniquelyPresentedAffineSemigroup(a)
##
##  For an affine semigroup s, checks it it has a unique minimal presentation
##  Basado en GS-O
##
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DeclareProperty("IsUniquelyPresented", IsAffineSemigroup);
DeclareSynonymAttr("IsUniquelyPresentedAffineSemigroup", IsUniquelyPresented);


#############################################################################
##
#P  IsGenericAffineSemigroup(a)
##
##  For an affine semigroup a, checks it it has a generic presentation,
##  that is, in every relation all minimal generators appear. These semigroups are uniquely
##  presented véase B-GS-G.
##
#############################################################################
DeclareProperty("IsGeneric", IsAffineSemigroup);
DeclareSynonymAttr("IsGenericAffineSemigroup", IsGeneric);

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##
#F ShadedSetOfElementInAffineSemigroup(x,a)
## computes the shading set of x in a as defined in
##  -Székely, L. A.; Wormald, N. C. Generating functions for the Frobenius
##    problem with 2 and 3 generators. Math. Chronicle 15 (1986), 49–57.
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DeclareGlobalFunction("ShadedSetOfElementInAffineSemigroup");


###############################################################################
#F CatenaryDegreeOfAffineSemigroup
# Computes the catenary degree of the affine semigroup a
###########################################################################
DeclareGlobalFunction("CatenaryDegreeOfAffineSemigroup");
DeclareOperation("CatenaryDegree",[IsAffineSemigroup]);

###############################################################################
#F DeltaSetOfAffineSemigroup
# Computes the Delta set of the affine semigroup a
###########################################################################
DeclareGlobalFunction("DeltaSetOfAffineSemigroup");
DeclareOperation("DeltaSet",[IsAffineSemigroup]);

###############################################################################
#F EqualCatenaryDegreeOfAffineSemigroup
# Computes the equal catenary degree of the affine semigroup a
# uses [GSOSN]
###########################################################################
DeclareGlobalFunction("EqualCatenaryDegreeOfAffineSemigroup");

###############################################################################
#F HomogeneousCatenaryDegreeOfAffineSemigroup
# Computes the homogeneous catenary degree of the affine semigroup a
# uses [GSOSN]
###########################################################################
DeclareGlobalFunction("HomogeneousCatenaryDegreeOfAffineSemigroup");

###############################################################################
#F MonotoneCatenaryDegreeOfAffineSemigroup
# Computes the monotone catenary degree of the affine semigroup a
# uses [PH]
###########################################################################
DeclareGlobalFunction("MonotoneCatenaryDegreeOfAffineSemigroup");

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##
#O  HilbertBasisOfSystemOfHomogeneousEquations
#
# Computes the Hilbert basis of the system A X=0 mod md, where the rows
# of A are the elements of ls.
# md can be empty of have some modulus, if the length of md is smaller than
# the lengths of the elements of ls, then the rest of equations are considered
# to be homogeneous linear Diophantine equations
##########################################################################
DeclareOperation("HilbertBasisOfSystemOfHomogeneousEquations",[IsHomogeneousList,IsHomogeneousList]);

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##
#O  HilbertBasisOfSystemOfHomogeneousInequalities
#
# Computes the Hilbert basis of the system ls*X>=0 over the nonnegative
# integers
##########################################################################
DeclareOperation("HilbertBasisOfSystemOfHomogeneousInequalities",[IsHomogeneousList]);

###############################################################################
##
#O OmegaPrimalityOfElementInAffineSemigroup
#
# Computes the omega-primality of v in the monoid a
###########################################################################
DeclareOperation("OmegaPrimalityOfElementInAffineSemigroup",[IsHomogeneousList,IsAffineSemigroup]);
DeclareOperation("OmegaPrimality",[IsHomogeneousList,IsAffineSemigroup]);
DeclareOperation("OmegaPrimality",[IsAffineSemigroup,IsHomogeneousList]);

###############################################################################
##
#F OmegaPrimalityOfAffineSemigroup
#
# Computes the omega primality of the affine semigroup a
###########################################################################
DeclareGlobalFunction("OmegaPrimalityOfAffineSemigroup");
DeclareOperation("OmegaPrimality",[IsAffineSemigroup]);

#############################################################################
##
#F  ElasticityOfFactorizationsElementWRTAffineSemigroup(n,s)
##
##  Computes the quotient (maximum length)/(minimum lenght) of the
##  factorizations of an element <n> as linear combinations
##  with nonnegative coefficients of the minimal generators
##  of the semigroup <s>.
##
#############################################################################
DeclareGlobalFunction( "ElasticityOfFactorizationsElementWRTAffineSemigroup" );
DeclareOperation("Elasticity",[IsHomogeneousList,IsAffineSemigroup]);
DeclareOperation("Elasticity",[IsAffineSemigroup, IsHomogeneousList]);


###############################################################################
#F ElasticityOfAffineSemigroup
# Computes the elasticity of the affine semigroup a
###########################################################################
DeclareGlobalFunction("ElasticityOfAffineSemigroup");
DeclareOperation("Elasticity",[IsAffineSemigroup]);

###############################################################################
##
#F Lawrence lifting of an affine semigroup
##############################################################################
DeclareGlobalFunction("LawrenceLiftingOfAffineSemigroup");


###############################################################################
##
#O DegreesOfPrimitiveElementsOfAffineSemigroup_Normaliz
# An implementation of DegreesOfPrimitiveElementsOfAffineSemigroup using
# Normaliz
#####################################################################
DeclareOperation("DegreesOfPrimitiveElementsOfAffineSemigroup",[IsAffineSemigroup]);

###############################################################################
##
#O TameDegreeOfAffineSemigroup
# Computes the tame degree of the affine semigroup a
###########################################################################
DeclareOperation("TameDegreeOfAffineSemigroup",[IsAffineSemigroup]);
DeclareOperation("TameDegree",[IsAffineSemigroup]);

###############################################################################
##
###############################################################################

##########################################################################
##
#F NumSgpsUseNormaliz
#  Loads the package NormalizInterface and reads affine-extra-ni
##########################################################################
DeclareGlobalFunction("NumSgpsUseNormaliz");

##########################################################################
##
#F NumSgpsUseSingular
#  Loads the package singular and reads affine-extra-s
##########################################################################
DeclareGlobalFunction("NumSgpsUseSingular");

##########################################################################
##
#F NumSgpsUseSingularInterface
#  Loads the package SingularInterface and reads affine-extra-si
##########################################################################
DeclareGlobalFunction("NumSgpsUseSingularInterface");

##########################################################################
##
#F NumSgpsUse4ti2
#  Loads the package 4ti2Interface and reads affine-extra-4ti2
##########################################################################
DeclareGlobalFunction("NumSgpsUse4ti2");

##########################################################################
##
#F NumSgpsUse4ti2gap
#  Loads the package 4ti2Interface and reads affine-extra-4ti2gap
##########################################################################
DeclareGlobalFunction("NumSgpsUse4ti2gap");


##########################################################################
##
#F NumSgpsUseGradedModules
#  Loads the package GradedModules and reads affine-extra-gm
##########################################################################
# DeclareGlobalFunction("NumSgpsUseGradedModules");